แนวทางการจัดแสดง ปัจจุบัน พิพิธภัณสถานแห่งชาติ พระนคร แบ่งการจัดแสดง ออกเป็น 3 หัวเรื่องใหญ่ ๆ คือ

1. ประวัติศาสตร์ชาติไทย จัดแสดงในพระที่นั่งศิวโมกขพิมาน
2. ประวัติศาสตร์ศิลปะและโบราณคดีในประเทศไทย จัดแสดงตามยุคสมัย คือ
   1. สมัยก่อนประวัติศาสตร์ จัดแสดงในอาคารส่วนหลัง ของ พระที่นั่งศิวโมกขพิมาน
   2. สมัยประวัติศาสตร์ จัดแสดงในอาคารใหม่ 2 หลัง ที่สร้างขนาบสองข้างของหมู่วิมานเมื่อ พ.ศ. 2510 โดยแบ่งเป็น 2 ส่วน คือ สมัยก่อนพุทธศักราช 1800 ได้แก่ สมัยทวารวดี สมัยศรีวิชัย และ สมัยลพบุรีจัดแสดงในอาคารมหาสุรสิงหนาท และส่วนที่ 2 คือ สมัยหลังพุทธศักราช 1800 เป็นต้นมา จนถึง สมัยรัตนโกสินทร์จัดแสดงในอาคารประพาสพิพิธภัณฑ์
3. ประณีตศิลป์ และ ชาติพันธุ์วิทยา จัดแสดงในหมู่พระวิมาน คือ พระที่นั่งวสันตพิมาน พระที่นั่งวายุสถานอมเรศ และ พระที่นั่งพรหมเมศธาดา ศิลปโบราณวัตถุที่จัดแสดง ได้แก่ เครื่องทอง เครื่องถม เครื่องมุก เครื่องดนตรี เครื่องไม้จำหลัก ผ้าโบราณ เครื่องถ้วย เครื่องสูง ราชยานคานหาม อาวุธโบราณ เครื่องใช้ในพิธีพระพุทธศาสนา และ อัฐบริขารของสงฆ์ และ เครื่องการละเล่นต่าง ๆ เช่น หัวโขน หุ่นกระบอก หุ่นเล็ก และหนังใหญ่ เป็นต้น นอกจากนี้ ยังมี ราชรถที่ใช้ในกระบวนแห่พระบรมศพ คือพระมหาพิชัยราชรถ เวชยันตรราชรถ ราชรถน้อย และ เครื่องประกอบการพระราชพิธีต่าง ๆ ที่ใช้ใน พระราชพิธีถวายพระเพลิงพระบรมศพ จัดแสดงใน อาคารโรงราชรถ

นอกจากศิลปะโบราณวัตถุแล้ว พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร ยังมีโบราณสถานคือ พระที่นั่ง และ พระตำหนักบางองค์ ที่เป็นตัวอย่างของ งานสถาปัตยกรรมไทยที่งดงาม เช่น พระที่นั่งพุทไธสวรรย์ ภายในพระที่นั่งประดิษฐานพระพุทธสิหิงค์ และมีจิตรกรรมฝาผนังที่งดงามยิ่ง พระที่นั่งอิศเรศราชานุสรณ์ ที่ประทับ ของพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว และพระตำหนักแดง ที่ประทับ ของสมเด็จพระศรีสุริเยนทราบรมราชินีในรัชกาลที่ 2 รวมไปถึง พระที่นั่งขนาดย่อม และศาลาทรงไทยในรูปแบบต่าง ๆ เช่น ศาลาสรง ศาลาสำราญมุขมาตย์ พระที่นั่งมังคลาภิเษก และ พระที่นั่งปาฏิหาริย์ทัศนัย ด้วยเหตุนี้จึงทำให้พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พระนคร ยังคงมีเอกลักษณ์ทางสถาปัตยกรรมไทย ที่โดดเด่นที่สุดแห่งหนึ่งของเกาะรัตนโกสินทร์ในปัจจุบัน